Hay cinco tipos de naturaleza de chakra. Lo más habitual es que una persona cuente con sólo uno de ellos. Esto es algo hereditario y propio de cada persona, que no se elige voluntariamente. En el caso de que un ninja pertenezca a una familia que cuente con una técnica de línea sucesoria, puede llegar a tener hasta dos tipos de naturalezas de chakra. Estas son, junto a algunos ejemplos de usuarios:
* Fuego
* Rayo:
* Agua:
* Tierra
* Viento
Ejemplos de ninjas que combinan dos elementos, a todos ellos no le hace falta linea sucesoria porque solo es combinar el chakra
* Haku puede usar una técnica en la que combinaba agua y viento, creando hielo.
* Shodaime pueden usar la técnica Mokuton, para crear madera. Combinan para ello agua y tierra.
Hay además técnicas que no dependen de los elementos, como las médicas.
Los tipos de chakras siguen un círculo de jerarquía, de tal forma que viento vence a rayo, fuego vence a viento, agua vence a fuego, tierra vence a agua, y rayo vence a tierra, lo que completa el círculo.
Muchos de los ninjutsu usados inician su nombre con una mención al elemento al que pertenecen:
* Katon: fuego.
* Doton: tierra.
* Suiton: agua.
* Fūton: aire.
* Raiton: rayo.
Existen otros elementos secundarios creados combinando dos de los anteriores. Son técnicas de línea sucesoria:
* Mokuton: madera, mezclando tierra y agua.
* Hyoton: hielo, mezclando agua y viento.